Analytic instruments

Our group has state-of-the-art analytic instruments. This includes a Shimazu Triple Quadrupole LC-MS/MS 8060 (funded by DFG). This machine can quantify small molecules, such as phytohormones, with very highly sensitive and precision. For more details, please see here: https://www.shimadzu.de/lcms-8060-triple-quadrupole-ms

If you are interested in using our analytic instrument, please contract:

Dr. Martin Schäfer (mschaefer@uni-mainz.de)

or

Prof. Shuqing Xu (shuqing.xu@uni-mainz.de)

 

 

 

Nutzerordnung für das „LC-MS/MS Gerät der AG Xu“ am Institut für Organismische und Molekulare Evolutionsbiologie (iomE), JGU Mainz

Das LC-MS/MS Gerät (Shimadzu LCMS-8060 mit ESI Quelle und Shimadzu Nexera X3 LC-System) steht unter der Leitung von Prof. Dr. Shuqing Xu und Dr. Martin Schäfer (Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut), die spezialisierte Methoden zur Aufklärung der chemischen Regulation und Interaktion (Phytohormone, Abwehrstoffe, Nährstoffe, Pestizide etc.) bei Pflanzen (z.B. Wasserlinsen) und Herbivoren (z.B. Kartoffelkäfern) anwenden, sowie neue Methoden etablieren und entwickeln. Diese Methoden werden Arbeitsgruppen des iomE, des Fachbereichs Biologie, sowie anderer interessierter Arbeitskreise der Universität Mainz zugänglich gemacht. Neben den spezialisierten Forschungsschwerpunkten, welche die Hauptnutzung der LC-MS/MS ausmachen, bietet die AG Xu anderen Arbeitsgruppen am iomE bzw. im Fachbereich Biologie, sowie in der Universität massenspektrometrische Analysen in spezifischen Kooperationsprojekten oder in Serviceleistungen, hier begrenzt im Rahmen der Kapazität, an. Kooperationen in Form von Drittmittel-finanzierten Projekten wird die höchste Priorität eingeräumt. Als Kooperationsprojekte bieten wir die Massenspektrometrie-basierte gezielte Analyse von Phytohormonen und pflanzlichen Primär- und Sekundärmetaboliten (z.B. Phenolpropanoide) an, welche das Spezialgebiete der AG Xu betreffen, und zur Beantwortung biologischer Fragen dienen. Darüber hinaus besteht unter Umständen auch die Möglichkeit zur Untersuchung bekannter Substanzen in anderen Organismen (z.B. Insekten). Das Gerät wird im Biozentrum I (Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 15, 55128 Mainz) im Raum 01.405 untergebracht und in die Small Molecule Core Facility des Fachbereichs Biologie der JGU Mainz integriert. Sollte die Core Facility zu einem späteren Zeitpunkt in das Biozentrum III umziehen, wird sich die JGU Mainz um den Umzugsprozess und alle damit verbundenen Kosten kümmern. Die JGU Mainz wir die zum Betrieb des Gerätes notwendige Infrastruktur, wie beispielsweise die Gas-Versorgung und den benötigten Laborplatz zur Verfügung stellen.

  • 1 Ordnung
  • 1.1 Die Nutzerordnung regelt: (1) die Organisation der Arbeitsabläufe zur Nutzung des LC-MS/MS Gerät am iomE (2) die Beziehungen zu Anwendern und Kollaborationspartnern.
  • 1.2 Die Nutzerordnung ist für alle Nutzer verbindlich.
  • 2 Organisation des LC-MS/MS Gerät am iomE
  • 2.1 Verantwortliche Personen und Mitarbeiter des LC-MS/MS Gerät am iomE sind: (1) Leiter: Prof. Dr. Shuqing Xu (2) Wissenschaftliche Mitarbeiter: Dr. Martin Schäfer (AG Xu)
  • 2.2 Das LC-MS/MS Gerät am iomE wird ausschließlich von verantwortlichen Personen der AG Xu betrieben und kann unter Aufsicht und Anweisung von anderen Mitgliedern der AG und des iomE benutzt werden.
  • 2.3 Das LC-MS/MS Gerät am iomE steht folgenden Gruppen (in abgestufter Priorität und zu unterschiedlichen

Gebühren) für die massenspektrometrische Analyse zur Verfügung: (1) Arbeitsgruppen des Fachbereichs Biologie und Partnern aus Forschungsverbünden (z.B. SFBs) (2) andere Mitglieder der Universität Mainz (3) Nutzer aus anderen akademischen (non-profit) Organisationen (4) Nutzer aus kommerziellen Unternehmen.

  • 3 Regeln und Aufgaben der Mitarbeiter des LC-MS/MS Gerät am iomE
  • 3.1 Zu den Aufgaben der Leiter des LC-MS/MS Gerät am iomE zählen:

(1) Die Einteilung und Anleitung der am iomE beschäftigten Mitarbeiter. (2) Die zweckdienliche Verwendung der vom iomE zugewiesenen Ressourcen. (3) Die Organisation interner Arbeitsabläufe im Hinblick auf Effizienz und gleichbleibend hohe Qualität der Ergebnisse, sowie reibungslose Interaktion mit Nutzern. (4) Die Wartung,

Instandhaltung und Optimierung der vorhandenen Geräte. (5) Die Betreuung und Anleitung von Anwendern und

Kollaborationspartnern, die zeitlich befristet ein Projekt im iomE bearbeiten. (6) Die Weiterbildung und Organisation der Teilnahme von Mitarbeitern an Fortbildungsmaßnahmen mit dem Ziel, die methodisch-technischen Möglichkeiten des LC-MS/MS Geräts am iomE an die allgemeinen Entwicklungen anzupassen. (7) die Priorisierung der Probenbearbeitung bei einem ungewöhnlich hohen Probenaufkommen bzw. in Fällen erhöhter Dringlichkeit.

  • 3.2 Alle Proben müssen nach den aktuellen Protokollen der AG Xu zur Probenvorbereitung vorbereitet werden.
  • 3.3 Die Datensicherung der Rohdaten erfolgt regelmäßig
  • 3.4 Das Massenspektrometer muss mindestens einmal wöchentlich von dem wissenschaftlichen

Mitarbeitern überprüft werden.

  • 3.5 Die Nutzungsdauer des Gerät durch die einzelnen Projekte wird gegebenenfalls von dem wissenschaftlichen Mitarbeiter erfasst. Die erfassten Daten können bei Bedarf statistisch ausgewertet werden. Die AG Xu behält sich vor, aus technischen oder organisatorischen Gründen einzelne vorgemerkte Termine nach Rücksprache mit dem gebuchten Benutzer zu verschieben oder abzusagen.
  • 4 Probenanahme und Massenspektrometrische Analyse
  • 4.1 Bei Service- wie auch Kooperationsprojekten bieten die wissenschaftlichen Mitarbeiter und/ oder Leiter der AG Xu ausführliche Beratung bezüglich der Versuchsplanung, wichtiger Kontrollen und zur Probenvorbereitung an, sowie zur Auswertung und Interpretation der massenspektrometrischen Daten.
  • 4.2 Proben für die massenspektrometrische Analyse müssen von den Nutzern nach genauer Anweisung vorbereitet und können nach Terminvereinbarung abgegeben werden. Die Proben erhalten dann eine eindeutige Identifikationsnummer (ID). Messtermine können in Absprache mit den wissenschaftlichen Mitarbeitern gebucht werden und richtet sich nach der Verfügbarkeit freier Kapazitäten. In kleinerem Umfang und bei freien Kapazitäten bietet die AG Xu dem Fachbereich Biologie die Möglichkeit einfache Serviceanalysen durchführen zu lassen.
  • 4.3 Proben können entweder per Post oder persönlich nach Absprache am Biozentrum I (Hanns-Dieter-Hüsch-Weg 15, 55128 Mainz) vorbeigebracht werden. Die AG Xu übernimmt keine Haftung für die Proben. Pathogene sowie radioaktive Proben können nicht bearbeitet werden.
  • 4.4 Nutzer sind in der Regel für die Datenauswertung und wissenschaftliche Validierung selbst verantwortlich, werden aber von der AG Xu betreut.
  • 4.5 Benutzer/innen müssen vor Abgabe ihrer Proben allgemeine Personen- und Projektbezogene Daten zur Verfügung stellen. Diese Daten können per EDV weiterverarbeitet werden; die Vertraulichkeit der Daten ist gewährleistet. Weiterhin erklären der Versuchsdurchführende und der übergeordnete Projektleiter, dass die Proben chemisch und biologisch unbedenklich sind und die Sicherheit und Gesundheit der Mitarbeiter der AG Xu nicht gefährden.
  • 5 Datensicherung

Alle Rohdaten und ausgewertete Daten der Forschungs-und Kooperationsprojekte werden regelmäßig gesichert. Die Rohdaten werden für 10 Jahre gespeichert und können bei Bedarf von den Kooperationspartnern eingesehen und kopiert werden. Daten aus Serviceprojekten werden den Nutzern zum Download zur Verfügung gestellt und der Nutzer des Service ist für die Dauerhaftigkeit und Fehlerfreiheit der Sicherung der Daten selbst verantwortlich.

  • 6 Kosten

Die AG Xu ist bestrebt, die Betriebskosten (Wartung, Reparaturen, Verbrauchsmittel) aus Drittmitteln sowie

Einnahmen aus Serviceleistungen zu bestreiten. Die im Betrieb anfallenden Kosten werden auf die wissenschaftlichen Gruppen umgelegt.

Die aktuell gültigen Preise werden in der aktuellen Nutzungsordnung veröffentlicht und betragen derzeit 7,5 €/Probe

Darin enthalten sind:

  • Verschleißteile wie Dichtungen etc.
  • Kosten für Spezialgase (Argon/Stickstoff)
  • Verbrauchsmaterial (z.B. Chemikalien zur Probenreinigung und –präparation, sowie die mobile Phase für die Flüssigchromatographie etc.)

Unter Umständen fallen zusätzliche Aufwendungen für spezifische Erstanschaffungen (HPLC-Säulen, Standards, Zusatzgeräte u.a.) an.

Die AG Xu kann im Falle von Kooperationsprojekten im eigenem Ermessen teilweise oder ganz von einer Kostenaufwendung absehen und die Betriebskosten aus eigenen Haushaltsmitteln bestreiten.

  • 7 Veröffentlichung von Daten

Die Publikation von Messdaten, die im Rahmen einer Kollaboration oder eines Gemeinschaftsprojekts erhalten wurden, ist mit der Leitung der AG Xu abzusprechen und der wissenschaftliche Beitrag des AG Xu angemessen anzuerkennen. Eine Veröffentlichung darf erst nach Freigabe der Daten durch die AG Xu erfolgen. Generell behält sich die AG Xu auf alle in der AG Xu generierten Daten das Urheberrecht vor. Bei Serviceanalysen geht das Urheberrecht mit der Bezahlung der Leistung auf den Auftraggeber über. Die Beteiligung der AG Xu an der Entstehung von Daten muss in jedem Fall entsprechend den Regeln der guten wissenschaftlichen Praxis (siehe DFG-Richtlinie) bei deren Veröffentlichung berücksichtigt werden. Rechtfertigt der Umfang der Beteiligung eine Co-Autorenschaft von Mitarbeitern der AG Xu (z.B. Beteiligung an Versuchsplanungen, und/oder aufwendige Auswertungen und Interpretationen von Ergebnissen, Entwicklung von Methoden, u.a.) so sind diese bei der Erstellung des Manuskriptes zu berücksichtigen. Jede andere Form der Beteiligung (Service) ist im Acknowledgement zu erwähnen, z.B. "We would like to acknowledge the assistance of the AG Xu at the University of Mainz supported in part by the DFG".